Свой отзыв на законопроект подготовило и ГПУ. Его глава Лариса Брычева в письме к полпреду президента в Госдуме Гарри Минху отметила риски нарушения Конституции и дискриминации предпринимателей из партнерских государств. По ее мнению, законопроект может ограничить регионы в принятии собственных видов господдержки, что противоречит главному документу страны. Также в законопроекте отдается предпочтение бизнесу из России, что дискриминирует бизнес из стран ЕАЭС и ВТО. Еще один пункт закона допускает интервенцию властей в отношения между инвесторами, что прямо противоречит Гражданскому кодексу, где есть запрет на произвольное вмешательство госорганов в частные дела, считает Брычева.Предложения помощника президента Андрея Белоусова направлены на существенное снижение рисков для государства, которые могут возникнуть из-за обязательства правительства защищать бизнес на три года от ухудшения условий. Так, он призвал установить закрытый перечень подлежащих компенсации убытков и специально оговорить, что фискальные условия, которые замораживаются для инвесторов, могут быть отменены в случае форс-мажорных обстоятельств.

В письме Федеральной налоговой службы (ФНС) говорится, что действующая IT-инфраструктура службы физически не сможет следовать заложенным в законопроекте методикам учета налогов. Чтобы реализовать идеи Минфина, ФНС потребуется вложить в технологии 0,7 млрд рублей. В Счетной палате (СП) возник вопрос, почему в законопроекте не детализировано, как будут возмещаться убытки, причиненные бизнесу в результате ухудшения условий предпринимательской деятельности (например, из-за повышения налоговых ставок). В письме Федеральной антимонопольной службы (ФАС) сказано, что, поскольку за отбор проектов под выделение господдержки будут отвечать члены специального координационного органа при правительстве, есть риск, что они могут продвигать свои инициативы в ущерб другим.